داستان این فیلم درباره دختری سایبورگ تحت عنوان آلیتا است که در دنیای پسا-رستاخیزی زندگی می‌کند و به طور کامل حافظه خود را از دست داده است. دکتر سایبرنتیک او را در توده‌ای زباله پیدا کرده و پس از بازسازی وظیفه مراقبت از وی را برعهده می‌گیرد. وی تنها سایبورگ افسانه‌ای هنرهای رزمی پانزر کونست را به خاطر دارد و همین موضوع باعث می‌شود که...